19世紀末イギリス。
階級制度に蝕まれた社会を変えるために、ウィリアム・ジェームズ・モリアーティは、
その兄弟とともに“犯罪卿”となった。悪によって悪を裁き、貴族の悪行を世に喧伝しながら、
自らも犯罪卿として社会における巨悪となっていく。
そしてウィリアムは、自身の計画に必要不可欠な存在として、
悪を暴く探偵シャーロック・ホームズを選んだ。

ウィリアムとシャーロックの出会い。それは偶然にして運命的なものだった。
豪華客船のらせん階段の前で言葉を交わしたふたりは、短い時間で互いの稀有な能力を感じ取る。
ウィリアムはシャーロックにさらなる事件を仕掛け、その実力を試すことに。
一方、シャーロックは事件を難なく解決するも、その裏にいる犯罪卿の正体を掴めず焦燥を募らせていく。
ふたりが再び出会ったのは、ヨークからロンドンに向かう列車の中だった――。

ボンドという新たな仲間を得たモリアーティ陣営。
そこにウィリアムたちの恩師でもあるジャックがやってくる。
アフガン戦争では「切り裂きジャック」の通り名で恐れられたジャックだが、
その名を騙る連続娼婦殺人事件が起きているという。
ウィリアムたちはその真相解明に動き出す。