謎の生命体「キャンサー」に襲われた地球は
危機に瀕していた。
「キャンサー」にはこれまで人類が生み出してきた兵器による攻撃が一切通じず、撃退する術を持たない人類は、敢えなく敗退した。土地は放棄され、様々な国が戦禍に消えていった。
――― 今では陸地の大半は「キャンサー」の支配下である。
もはや人類に残された時間は少なく、絶滅も覚悟したその時、ひとつの新兵器が開発された。
それこそが決戦兵器「セラフ」であり、それを装備した者だけが「キャンサー」に効果的な打撃を与えることができた。
人類は「セラフ」を操る術を手にした者たちをかき集め、最後の希望を託してセラフ部隊を設立した。
しかし、「セラフ」を操れる者はひとつの共通項を持っていた。
それは、何かしらの才能を持った少女たちであるということ。
第31A部隊に所属する茅森月歌もその一人。
同じ部隊に所属する和泉ユキや、
第31B部隊 部隊長の蒼井えりかをはじめとするセラフ部隊の仲間たちと出会い、
共にキャンサーとの戦いに身を投じていく。
失われゆく世界で、
最後の希望を託された少女たちの物語が今始まる―――。